Para proporcionar servicios médicos, el Hospital Regional de Alta Especialidad de la Península de Yucatán (HRAEPY) cuenta con las siguientes áreas de atención:
- Admisión Continua
- Consulta Externa
- Hospitalización
- Quirófanos
- Unidad de Terapia Intensiva Adulto
- Unidad de Terapia Intensiva Pediátrico (Solo cardiología)
- Quimioterapia
- Hemodiálisis
- Clínica de Cuidados Paliativos
- Clínica de Trasplante
- Cirugía Ambulatoria
- Auxiliares de Diagnóstico y Tratamiento: Laboratorio, Ultrasonido, Rayos X, Tomografía, Resonancia, etc
- Gabinetes: Electroencefalograma, Electromiografía, Endoscopia, Potenciales Evocados, Potenciales Auditivos, etc.
- Hemodinamia: Ecocardiograma, Holter, Pruebas de Esfuerzo, etc.